در كتابها و نوشتههای اولیه مبدعان كارت امتیازی متوازن، كاربرد BSC و ویژگیها و مزایای آن به طور عمده محدود به یك واحد كسب و كار میشد. لیكن اكثر سازمانها از چندین واحد كسب و كار و واحدهای پشتیبانی تشكیل شدهاند و اگر چه كه كاربرد كارت امتیازی متوازن در یك كسب و كار روشن است، ولی چگونگی كاربرد آن در سطح شركت موضوع بعدی است كه باید به آن پرداخته شود. به طور كلی پس از تدوین استراتژی سازمان، فرآیند همسوسازی در سازمان به این صورت است:
1. شفافسازی استراتژیهای نقشه استراتژی و كارت امتیازی متوازن سازمان برای هر یك از واحدهای كسب و كار و پشتیبانی و چگونگی تعامل و همكاری آنان برای ایجاد همافزایی
2. ارتباط دادن نقشه استراتژی و كارت امتیازی سطح شركت با واحدهای كسب و كار و واحدهای پشتیبانی، هیئت مدیره، مشتریان كلیدی، تامینكنندگان و شركا.
3. همسوسازی واحدهای كسب و كار با استراتژیهای سازمان
4. همسوسازی واحدهای پشتیبانی با واحدهای كسب و كار
5. نظارت بر نحوه عملكرد واحدها و ایجاد فرآیند راهبری برای اطمینان از حفظ جایگاه همسوسازی در سازمان با بررسی نقشههای استراتژی و كارتهای امتیازی بوجود آمده در سطح واحدها توسط مدیران سازمان
مدیریت شركت برای دستیابی به چنین نتیجهای، نیازمند ابزاری است كه به وسیله آن بتواند واحدهای مختلف سازمان را برای دستیابی به اهدافش رهبری و هدایت كند. به عبارت دیگر بحث همسوسازی، به دنبال شناسایی زمینههای ایجاد همافزایی ایجاد شده در سازمان (به عنوان یك كل) میباشد. منظور از همافزایی ایجاد شده توسط واحدهای مختلف یك شركت را میتوان چنین در نظر گرفت كه مجموع ارزش ایجاد شده توسط این واحدها در زیر چتر یك شركت، همواره باید بیشتر از مجموع ارزش ایجاد شده توسط این واحدها هنگامی كه به صورت مستقل عمل میكنند، باشد. ارزشآفرینی و ایجاد همافزایی در شركتهای هلدینگ با اختصاص سرمایه به واحدهای عملیاتی صورت میگیرد. كارایی و اثربخشی این واحدهای عملیاتی دركنار هم، بسیار بیشتر از زمانی است كه به صورت مستقل و جداگانه فعالیت میكنند. اگر مدیران شركت نتوانند میان مجموعههای واحد كسب و كار و واحدهای پشتیبانی خود همافزایی ایجاد كنند و یا بدتر موجب كاستن ارزش (همكاهی) شوند، موجودیت و چرایی گرد هم آمدن واحدهای مختلف كسب و كار در كنار هم زیر سوال میرود.
استراتژی شركت بیان میكند، كه چگونه شركت میتواند با ایجاد ارزشی بیشتر از مجموع ارزش واحدهایش، از این سرنوشت دور شود. یك سازمان برای ایجاد ارزش افزوده و و همافزایی مجموعههای كسب و كار و دیگر واحدهای پشتیبانی خود، باید فعالیتهای آنان را همسو سازد و این كار در حوزه استراتژی شركت قرار دارد كه نحوه ارزش افزایی واحدها را تعریف میكند. در این حالت، سازمان به منابع جدیدی برای خلق ارزش دستیافته كه به آن ارزش بهوجود آمده در اثر نقش شركت میگویند. عملكرد واحدها مختلف یك مجموعه، زیر چتری واحد (شركت) برای دستیابی به صرفه مقیاس و صرفه قلمرو صورت میگیرد.
به عنوان مثال برای دستیابی به صرفه مقیاس باید منابع ویژه و با ارزشی چون سیستمهای اطلاعاتی، گروههای تحقیق و توسعه و ... را میان واحدهای مختلف تسهیم كرد و از این طریق به ارزشآفرینی دست یافت. برای مثال، میتوان با ایجاد نقشهها و كارتهای امتیازی برای واحدهای پشتیبانی و خدماتی، ماهیت آنها را از مراكز هزینه به شركای استراتژیك تغییر داد.
علاوه بر همسویی واحدهای سازمان، سیستمها، ساختار، منابع انسانی و فرآیندهای مدیریتی نیز باید درجهت استراتژی همسو شوند. به عنوان نمونه، هزینههای پشتیبانی و حقوق و دستمزد، در صورتی توجیه دارد كه با همسوسازی تمامی واحدهای مختلف زیر نظر آنها، بتوان منبع جدیدی را برای ارزش آفرینی در سازمان ایجاد كرد.